Давне 1882. године, на предлог Јулијуса Фриша, доноси се одлука о оснивању Музеја. За кустоса је постављен Феликс Милекер, чија је велика заслуга за обогаћивање музејских збирки путем теренских ископавања, откупа предмета од колекционара, а знатан део старина кроз поклоне бројних дародаваца. Прва велика изложба за јавност отворена је 1896. године.
Данас музеј броји преко 250.000 експоната у неколико стручних одељења: археолошко, историјско, нумизматичко, етнолошко, природњачко и уметничко, као и конзерваторска радионица.